自然指数（Nature Index）是自然出版集团2014年11月推出的数据库，用以追踪作者或机构在68种全球一流期刊的论文发表情况。它依据各国或各科研机构对每年发表的约六万篇高质量的科研论文的贡献情况，既计算论文总数，又计算不同国家和机构在每篇论文上的相对贡献，并对化学、地球与环境科学、生命科学、物理学四个学科进行排名，对评价科研机构在国际高水平学术成果产出方面具有重要作用。
根据自然出版集团最新自然指数排名（统计时间节点为2015.12.01至2016.11.30），我校在自然指数所认定的68种期刊上发表论文174篇，位居全球第96位（2016年第126位），亚太地区排名第25位（2016年第32位），国内高校排名第10位（2016年第13位）；
兰州大学全球排名第96位
兰州大学国内高校排名第10位
化学排名全球第41位（2016年第53位），亚太地区排名第20位（2016年第26位），国内高校排名第11位（2016年第15位）。
化学学科国内高校排名第11位
地球与环境科学亚太地区排名第31位（2016年第34位），国内高校排名第9位（2016年第10位）。
地球与环境科学国内高校排名第9位
生命科学亚太地区排名第105位，国内高校排名第33位（2016年第37位）。
生命科学国内高校排名第33位
物理学亚太地区排名第59位（2016年第84位），国内高校排名第22位（2016年第29位）。
物理科学国内高校排名第22位
最新自然指数中国内地高校TOP100排名中，北京大学、南京大学和清华大学位居前三位， 进入前十名的高校包括中国科学技术大学、浙江大学、复旦大学、南开大学、中国科学院大学、厦门大学和兰州大学。